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擴(kuò)增子，高通量測序中Amplicon和reads的區(qū)別是什么

來源：整理 時(shí)間：2023-08-18 21:49:57 編輯：智能門戶 手機(jī)版

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1，高通量測序中Amplicon和reads的區(qū)別是什么

amplicon是擴(kuò)增子，一般是指PCR擴(kuò)增出來的片段而reads是測序儀通過測序引物測出來的序列
沒看懂什么意思？

高通量測序中Amplicon和reads的區(qū)別是什么

2，擴(kuò)增子的介紹

擴(kuò)增子（amplicon）為DNA或RNA擴(kuò)增后的一段核苷酸序列。比如通過PCR擴(kuò)增得到的某個(gè)基因的擴(kuò)增片段。

擴(kuò)增子的介紹

3，用于擴(kuò)增子測序的pcr擴(kuò)增一般采用多少循環(huán)數(shù)

沒有規(guī)定，只要目的條帶清晰可見就行，可以根據(jù)預(yù)實(shí)驗(yàn)來確定。過多的循環(huán)數(shù)會(huì)導(dǎo)致堿基錯(cuò)配，過少循環(huán)導(dǎo)致產(chǎn)物太少不利于測序。
這個(gè)看你模板的濃度以及目的了。如果是鑒定，25循環(huán)就夠了。如果是要純化后連接或者測序，可以適當(dāng)增加

用于擴(kuò)增子測序的pcr擴(kuò)增一般采用多少循環(huán)數(shù)

4，請問在生物學(xué)中擴(kuò)增子的具體定義是什么

cnki對擴(kuò)增子的定義：在擴(kuò)增期間以拷貝數(shù)增加的DNA稱為擴(kuò)增子英文描述更好理解：The product of PCR or LCR; a piece of DNA that has been synthesized using amplification techniques.更簡單的：A cloned, amplified (by PCR), DNA sequence或者：the DNA product of a PCR reaction, usually an amplified segment of a gene or DNA或者：artificially made nucleic acid fragment: a nucleic acid fragment that is the product of the artificial large-scale reproduction of genetic material說白了就是經(jīng)過人工擴(kuò)增的DNA片段搞不明白現(xiàn)在很多生物學(xué)上的名詞，明明可以簡單明了的表述，偏偏要故弄玄虛....

5，全基因組組測序結(jié)果 擴(kuò)增子和reads的區(qū)別是什么

擴(kuò)增子是指經(jīng)過PCR擴(kuò)增出來的產(chǎn)物。reads是指某個(gè)片段經(jīng)過測序得到序列信息。
這個(gè)是第二代測序技術(shù)上的名詞，conting是指測序得到的短reads組裝成的較長序列（序列完整，中間無斷點(diǎn)）；而scaffold是根據(jù)測序reads的pairend關(guān)系將conting序列進(jìn)一步組裝成的更長序列（這種序列中間可能有斷點(diǎn)）

6，擴(kuò)增子測序和高通量測序區(qū)別

微生物多樣性測序（擴(kuò)增子測序）是基于二代高通量測序?qū)?6S/18S/ITS等序列進(jìn)行測序?？梢酝瑫r(shí)檢測樣本中的優(yōu)勢物種、稀有物種及一些未知物種的檢測，獲得樣本的微生物群落組成以及相對豐度。相信關(guān)注我們的小伙伴對此并不陌生。這次我們整合了大家平時(shí)會(huì)遇到的一些問題，在原有的基礎(chǔ)上對報(bào)告進(jìn)一步完善。報(bào) 告 全 新 升 級 想知道總體結(jié)果？先看這——項(xiàng)目概述重要指數(shù) :★★★★★這部分內(nèi)容必看。主要是匯總信息，包括樣本數(shù)據(jù)量，測序質(zhì)量，重復(fù)性效果評估，分組信息，組間差異評估，代謝途徑上差異，功能預(yù)測等。這里會(huì)給出本項(xiàng)目中的一些重要提示，幫你從眾多的報(bào)告信息中獲取關(guān)鍵的部分。實(shí)驗(yàn)、分析流程怎么寫？——技術(shù)介紹重要指數(shù) :★★★技術(shù)介紹這部分內(nèi)容，就是說我們基于是怎么樣一個(gè)測序平臺(tái)、什么方法來獲得的最后的數(shù)據(jù)。如果你擔(dān)心 這么直觀的報(bào)告，會(huì)不會(huì)不夠詳細(xì)？小問號里有寶藏！如上圖，點(diǎn)擊實(shí)驗(yàn)流程旁邊的小問號，彈出的文件夾里就有詳細(xì)的英文版方法介紹。數(shù)據(jù)質(zhì)量怎么樣 ——OTU/ASVs結(jié)果統(tǒng)計(jì) 重要指數(shù) :★★★★這部分內(nèi)容主要是數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)的圖表：Raw-tags： 樣本的原始序列數(shù)據(jù)Singleton： 無完全匹配的單條序列數(shù)量tagsmatchedASVs： 比對到最終ASVs的序列數(shù)據(jù)ASVs：以及ASVs的種類個(gè)數(shù)參數(shù)自由選擇，圖片靈活生成——物種注釋及構(gòu)成重要指數(shù) :★★★★經(jīng)過SILVA138數(shù)據(jù)庫的注釋，得到ASVs的物種注釋結(jié)果。這一部分可以看到每個(gè)樣本的物種構(gòu)成比例，Taxonomic Level 可以選擇Level1 ~ Level7 界門綱目科屬種，不同分類水平下的物種構(gòu)成。這里選擇level2就是“界”層級（可根據(jù)需求自選），另外比如選一個(gè)groups分組，如下：柱狀圖太寬？太窄？一拉即可調(diào)整！同時(shí)給出了各分類水平的相關(guān)原始數(shù)據(jù)，可以到對應(yīng)路徑進(jìn)行查看。表格任意排序，3D動(dòng)圖自由切換——多樣性分布結(jié)果重要指數(shù) :★★★★α多樣性評估單個(gè)樣本內(nèi)的物種構(gòu)成的豐度情況使用Qiime2進(jìn)行α多樣性分析，分別計(jì)算獲得

7，擴(kuò)增子測序如何選取豐度最高的前十個(gè)屬

可以，你用的是隨機(jī)引物？不管你用的是什么引物，只要你將片段擴(kuò)增出來就可以測序。你先把擴(kuò)增產(chǎn)物純化，連接到T載體，然后轉(zhuǎn)菌，因?yàn)檫@種測序方式利用的是載體上的通用引物，和產(chǎn)物序列無關(guān)，所以你的產(chǎn)物可以放心測序。
結(jié)果靠譜但并沒多大用，你知道了又怎樣！大多數(shù)沒有解決方案，過度醫(yī)療而已
轉(zhuǎn)錄組測序哪個(gè)指標(biāo)反映基因表達(dá)豐度通過轉(zhuǎn)錄組測序研究基因表達(dá)的理論基礎(chǔ)是:通過隨機(jī)抽樣測序,某一轉(zhuǎn)錄本的抽 樣頻率在大樣本下逼近該轉(zhuǎn)錄本在轉(zhuǎn)錄組中的相對豐度。
ian：半邊蓮，蓮半邊，

8，擴(kuò)增子宏基因組宏轉(zhuǎn)錄組三大法寶玩轉(zhuǎn)腸道微生物

俗話說，“遇事不決，量子力學(xué)；機(jī)制難尋，腸道菌群”。和研究物理學(xué)微觀粒子的量子力學(xué)一樣，我們肚子里面腸道菌群也是一個(gè)神奇的微觀世界，里面包含約100萬億個(gè)微生物，有人體細(xì)胞總數(shù)的10倍之多，影響著宿主的飲食、疾病、以及生長發(fā)育等。面對數(shù)目如此龐大的腸道微生物，要使用哪些技術(shù)去了解其物種的組成，發(fā)揮的功能，以及對宿主的影響呢？下邊，我們就為大家獻(xiàn)上研究腸道微生物的 “三大法寶”。 首先，我們可以通過擴(kuò)增子測序技術(shù)獲悉腸道中存在哪些微生物，以及每種微生物的豐度占比。 擴(kuò)增子測序即通過提取樣品的DNA，選擇合適的引物擴(kuò)增16S rDNA區(qū)域，通過檢測擴(kuò)增區(qū)域的序列變異和豐度，以研究樣本中物種分類、物種豐度以及系統(tǒng)進(jìn)化。該技術(shù)可以克服傳統(tǒng)分離培養(yǎng)的缺點(diǎn)，對樣品中的微生物進(jìn)行定性和定量，加之具有相對較低的成本，更加快速的周期等特點(diǎn)，深受微生物研究者的青睞。 補(bǔ)充知識點(diǎn) Q： 為什么要擴(kuò)增16S rDNA區(qū)域？ A： 16S rDNA是細(xì)菌的系統(tǒng)分類研究中最有用的和最常用的分子鐘，素有“細(xì)菌化石”之稱。16S rDNA由于分子大小適中，既能體現(xiàn)不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術(shù)得到其序列，故廣泛應(yīng)用在微生物群落研究中。 了解腸道的微生物群落分布和比例后，要怎么知道這些微生物能做什么，或者可以行使哪些功能呢。借助宏基因組，上述問題都可以得到完美的解答。 宏基因組，是以特定生境中的整個(gè)微生物群落作為研究對象，提取環(huán)境樣本DNA后，采用二代測序技術(shù)，通過組裝獲得環(huán)境中所有微生物基因信息總和。用于研究樣品中全部微生物群落的多樣性及群落功能差異。 借助擴(kuò)增子和宏基因技術(shù)，我們可以知道腸道中存在的微生物的群落分布和具備的功能，若想進(jìn)一步解析微生物此時(shí)此刻正在做什么，就離不開宏轉(zhuǎn)錄組了。 宏轉(zhuǎn)錄組可以研究在特定條件下，環(huán)境/組織樣本中所有的微生物的RNA的集合，利用高通量測序，可以直接獲得樣本中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息，能夠從轉(zhuǎn)錄水平研究復(fù)雜微生物群落變化，挖掘潛在的新基因。 三個(gè)技術(shù)比較如下： 如果說擴(kuò)增子是初步探究樣本種微生物群落分布，宏基因組則能更加全面揭示群落物種的功能，而宏轉(zhuǎn)錄組可以在RNA水平解析微生物基因表達(dá)譜。三個(gè)技術(shù)相互結(jié)合使用，可以更好的解釋腸道中“存在哪些微生物，微生物能做什么，以及微生物正在做什么”的問題，幫助科學(xué)家更全面的了解腸道微生物的組成以及對宿主生命健康的影響。 高谷物（HG）飼料可以改變瘤胃微生物群，但在反芻動(dòng)物盲腸中微生物對HG飼料的反應(yīng)以及隨后的微生物-宿主相互作用仍未得到探索。 研究使用16S擴(kuò)增子測序研究了飲食變化如何改變綿羊盲腸微生物組，并使用宏基因組測序深入了解盲腸微生物對飲食轉(zhuǎn)變挑戰(zhàn)的適應(yīng)性反應(yīng)。發(fā)現(xiàn)喂食HG會(huì)對綿羊盲腸微生物組成和代謝的造成干擾，導(dǎo)致黏膜損傷，這些發(fā)現(xiàn)提供了在喂食HG過程中盲腸微生物結(jié)構(gòu)和適應(yīng)時(shí)間進(jìn)程的綜合概況，有助于進(jìn)一步闡明反芻動(dòng)物盲腸疾病的病因?qū)W。 肥胖和2型糖尿病的發(fā)病率在全球范圍內(nèi)呈現(xiàn)逐漸增長的趨勢，但兩者合并癥人群的腸道微生物特征還不清楚文章研究了約1280人的腸道微生物組。發(fā)現(xiàn)肥胖與微生物的組成、個(gè)體分類和功能改變有關(guān)。T2D與腸道菌群的相關(guān)性并不明顯；藥物（如降壓藥和降糖藥）以及膳食補(bǔ)充劑，與腸道菌群變化顯著相關(guān)?？傊?，本研究將肥胖和D2T這兩種相互關(guān)聯(lián)的代謝疾病的微生物成分區(qū)分開來，確定了未來研究中需要考慮的飲食和給藥因素。 微生物暴露對于新生兒和嬰兒的生長發(fā)育和免疫起著至關(guān)重要的作用。然而，出生前的胎兒腸道中是否存在微生物仍然存在爭議。研究將通過無菌子宮切除術(shù)出生的足月羔羊作為研究產(chǎn)前腸道微生物的動(dòng)物模型進(jìn)行多組學(xué)研究。首次證實(shí)反芻動(dòng)物在出生前腸道中已定植活性微生物組，為胎兒腸道微生物定植始于子宮提供了依據(jù)。對于通過調(diào)控早期宿主-微生物互作來促進(jìn)動(dòng)物生長發(fā)育和機(jī)體健康具有重要的理論意義，對于幼齡動(dòng)物的早期培育有重大的價(jià)值。 “三大法寶”不僅可以用來研究腸道微生物，還可應(yīng)用在各類微生物研究中，如土壤、空氣等環(huán)境樣本，腫瘤、皮膚等動(dòng)物樣本，以及葉片、果實(shí)等植物樣本，可以說，只要涉及群落微生物研究，就一定離不開這“三大法寶”。

9，探針捕獲測序和擴(kuò)增子測序的區(qū)別

探針捕獲測序和擴(kuò)增子測序的區(qū)別轉(zhuǎn)錄組即某個(gè)物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA（包括mRNA，smallRNA及non-coding RNA等）的總和。轉(zhuǎn)錄組測序是指利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本。相對于傳統(tǒng)芯片而言，轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先設(shè)計(jì)探針，即可對任意物種的任意細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行檢測，能夠提供更精確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具?；虮磉_(dá)譜指通過構(gòu)建處于某一特定狀態(tài)下的細(xì)胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規(guī)模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特定細(xì)胞或組織在特定狀態(tài)下的基因表達(dá)種類和豐度信息，這樣編制成的數(shù)據(jù)表就稱為基因表達(dá)譜。
不明白啊 = =！

10，請問在生物學(xué)中擴(kuò)增子的具體定義是什么

cnki對擴(kuò)增子的定義：在擴(kuò)增期間以拷貝數(shù)增加的DNA稱為擴(kuò)增子英文描述更好理解：The product of PCR or LCR; a piece of DNA that has been synthesized using amplification techniques.更簡單的：A cloned, amplified (by PCR), DNA sequence或者：the DNA product of a PCR reaction, usually an amplified segment of a gene or DNA或者：artificially made nucleic acid fragment: a nucleic acid fragment that is the product of the artificial large-scale reproduction of genetic material說白了就是經(jīng)過人工擴(kuò)增的DNA片段搞不明白現(xiàn)在很多生物學(xué)上的名詞，明明可以簡單明了的表述，偏偏要故弄玄虛....
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