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3、...本地界面化(Win/Mac前面我已經(jīng)通過插件使所有TBtools用戶能夠完成RNAseq 數(shù)據(jù)分析從測序原始數(shù)據(jù)到基因表達(dá)，我用了一個(gè)曲線救國的策略，就是直接用kallisto，跳過閱讀回復(fù)，直接統(tǒng)計(jì)閱讀片段。目前比較常用的RNAseq upstream數(shù)據(jù)分析process應(yīng)該還是會(huì)統(tǒng)計(jì)閱讀回復(fù)后的閱讀片段。一般來說，用的軟件是:star/hisat2。
結(jié)果前幾天開發(fā)了相應(yīng)的插件，分別是hisat2build和hisat2align。在這一點(diǎn)上，我們可以更進(jìn)一步，做更有意義的事情。更早的Kallisto本身依賴于基因組基因結(jié)構(gòu)的注釋，其準(zhǔn)確性受現(xiàn)有注釋的影響很大，而hisat2等人基于回復(fù)，因此我們可以進(jìn)一步“自動(dòng)糾正”注釋，挖掘新的轉(zhuǎn)錄本或基因。更全面。這些，常用的軟件是Stringtie。
