為什么編譯的gromacs多GPU加速效果不好？GROMACS軟件用于模擬DNA結(jié)構(gòu)，計(jì)算rmsf時用P原子代替文獻(xiàn)中的殘基...GROMACS你需要知道哪些原子及其組合在運(yùn)行時對勢能函數(shù)有貢獻(xiàn)(見第四章)。另外，3，編輯，主目錄中的bash_profile文件，向其中添加以下行:export path/usr/local/gro Macs/I 686 pclinuxgnu/bin:$ path。保存并退出后，運(yùn)行source.bash_pro路徑就會生效。
1，安裝fftw 2 . 1 . 3 . tar . gz ./configureablefloatmakeinstall 2，安裝gromacs 3 . 2 . 1 . tar . gz ./configuremakemakenuninstall默認(rèn)情況下，程序安裝在/usr/local/gromacs/目錄下。3.編輯。bash_profile文件，并添加下面一行:export path/usr/local/gro Macs/I 686 pclinuxgnu/bin:$ path。保存并退出后，運(yùn)行source.bash_pro路徑就會生效。
gromacs在2、如何在MacBook上安裝gromacs
MacBook上的安裝過程:(1)解壓fftw，lammpi，Gromacs源碼tarzxvffftw 3 . 1 . 2 . tar . gztar–zxvfgromacs 3 . 3 . 1 . tar . gztarzxvflame 7.1.3.tar.gz(2)編譯LAMMPICDLAM 7.1.3 ./configureprefix/home/ Lam 7.1.3不帶withoutfcwithrshshxmakemakeinstall注意:不帶fc，mpif77不編譯?？梢詣h除(3)添加mpi環(huán)境變量export path $ path:/home/lam 7 . 1 . 3/bin(追加到。bashrc) (4)編譯fftw單雙精度版CD FFTW 3.1.2。/ConfigureEnableFloatenablePlumprefix/home/fftw 3 . 1 . 2 makemakeinstallmakedistclean ./configuredisablefloatenablepiprefix/home/fftw 3 .。
3、為什么編譯出的gromacs多GPU加速效果不好4、使用 GROMACS軟件模擬DNA結(jié)構(gòu),計(jì)算rmsf時文獻(xiàn)中都用P原子代替殘基的行為...
GROMACS運(yùn)行時需要知道哪些原子及其組合對勢能函數(shù)有貢獻(xiàn)(見第四章)。此外，它還需要知道不同功能的必要參數(shù)，所有這些都由拓?fù)湮募?描述。top，它列出了每個原子的固定屬性，原子的種類比元素的種類多得多。但是，力場只是參數(shù)化了生物體系中存在的原子類型，加上一些金屬、離子和硅，結(jié)合相互作用和一些特殊的相互作用由拓?fù)湮募械墓潭ㄅ鋵Q定。
