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namd，namd 怎樣從軌跡文件里輸出速度

來源：整理 時間：2023-09-02 20:50:20 編輯：智能門戶 手機版

本文目錄一覽

1，namd 怎樣從軌跡文件里輸出速度

這是 fluent 界面程序出錯了,比如在 fluent 要更新窗口內(nèi)容時，顯示窗口已經(jīng)被關(guān)閉了，導致訪問出錯,有時操作顯示窗口時也會出現(xiàn)這個錯誤.
任務(wù)占坑

namd 怎樣從軌跡文件里輸出速度

2，have a year namd after them怎么翻譯

你好，很高興為你解答:在他們之后過一年詞匯namd海軍軍官學校學員處; 海軍飛機保養(yǎng)部門(Naval Aircraft Maintenance Department); 海軍彈藥庫them他們; 她們; 它們; 指性別不詳?shù)娜藭r，用以代替him或her

have a year namd after them怎么翻譯

3，NAMD軟件適合在個人筆記本電腦安裝使用嗎

可以打開騰訊電腦管家-工具箱-軟件管理-在軟件管理中搜索名稱就可以看到下載資源，根據(jù)需要進行操作即可。
長時間使用的話對硬盤不好 還有筆記本散熱不好的話對部件也存在損壞

NAMD軟件適合在個人筆記本電腦安裝使用嗎

4，如何在ubuntu上安裝namd

是的，要先解壓。終端輸入：sudo tar -zxvf 壓縮文件名.tar.gz /tmp（假設(shè)想解壓到/tmp目錄），然后cd 解壓后的目錄名 進入解壓后的目錄，ls查看其中有沒有INSTALL文件，按照上面的說明安裝即可。一般步驟是：sudo ./configure、make、make install

5，怎么用namd分析兩種分子的作用力

怎么用namd分析兩種分子的作用力會變的，一般來說物體都會受到溫度的影響而影響物體本身分子的運動或者影響物體的密度，都會影響作用力。溫度越高，分子運動越激烈，分子間碰撞也厲害，離得近作用力就大，離得遠就??；當然一個物體改變密度的時候也一樣，密度小，分子之間離得遠，作用力也小，反之亦然！

6，尤尼克斯高端拍如isometricnamd之類的科技是噱頭嗎

尤尼克斯高端拍如isometric,namd之類的科技是噱頭。尤尼克斯羽毛球拍（YONEX）是世界最出名的羽拍，也是每一個羽毛球愛好者都想擁有的羽拍，為了統(tǒng)治羽拍市場，也為了盡量滿足不同使用需求，尤尼克斯研發(fā)了大量的型號，讓人眼花繚亂。作為世界知名的羽拍專業(yè)制造商。尤尼克斯完全體現(xiàn)日本工藝的精益求精，羽拍牢牢占據(jù)世界第一的地位，同時網(wǎng)球拍也得到許多知名球星的喜愛。采用創(chuàng)新的方形拍頭，使拍面中的相等長度的縱弦根數(shù)比傳統(tǒng)拍形增加3—5倍，從而使拍子的擊球甜區(qū)（sweet point)即最佳擊球區(qū)增大32%，讓選手更易于擊出高質(zhì)量的回球。拍框截面有AR形、VF形的多種變化。從羽拍發(fā)展趨勢上看，ISO拍形已經(jīng)用于ISO、Ti系列羽拍，將會成為今后羽拍的標準拍形。

7，如何在ubuntu上安裝namd

是的，要先解壓。終端輸入：sudo tar -zxvf 壓縮文件名.tar.gz /tmp（假設(shè)想解壓到/tmp目錄），然后cd 解壓后的目錄名 進入解壓后的目錄，ls查看其中有沒有INSTALL文件，按照上面的說明安裝即可。一般步驟是：sudo ./configure、make、make install

8，namd是什么意思

在動力學模擬分析中,很基本的一項分析就是RMSD值的求算。RMSD值即均方根偏差（Root Mean Square Deviation）。在統(tǒng)計學上，這個量就相當于標準差,反映的是數(shù)據(jù)偏離平均值的程度。在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析，模建，結(jié)構(gòu)聯(lián)配(structure alignment）以及分子動力學模擬中，RMSD值是非常常用的一項參數(shù),用于衡量原子偏離比對位置的程度。 在本例中，RMSD值反映的是泛素各個部分原子偏離平均位置的程度，也就是各原子運動幅度的大小。RMSD值越大，說明該原子的運動的空間范圍越大,原子的空間位阻也就越小。原子α在某一段時間Nt內(nèi)的RMSD值求算公式為:Nt是時間段，以步長為單位。VMD提供了很多分析工具。其中一個工具NAMD Plot 插件可以用于處理輸出文件，然后由進行作圖。我們下面就用這一工具分析動力學模擬過程中整個蛋白的RMSD值的變化。這個值是各原子RMSD值的總和。計算時，我們需要使用動力學模擬過程輸出的軌跡文件:ubq_ws_eq。dcd 首先，讓我們簡單看一看NAMD plot是怎樣作圖的.1、運行VMD主程序。2、在VMD主窗口選擇菜單項Extensions→Analysis→NAMD Plot。3、在 NAMD Plot窗口選擇File→Select NAMD Log File,在彈出的文件瀏覽窗口中找到namd-tutorial/1—2-sphere/bq_ws_eq。log，打開這個文件.4、在NAMD plot 窗口中顯示出很多熱力學參量（圖）。其中TS代表Time Step,BOND代表鍵能等等.這些變量都可以用于作圖。例如：點擊選擇參數(shù)TEMP，然后選擇 File → Plot Selected Data。這樣我們就得到了隨著時間變化溫度的變化關(guān)系。

9，NAMD是什么品牌手機

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大規(guī)模并行計算機上快速模擬大分子體系的并行分子動力學代碼。NAMD用經(jīng)驗力場，如Amber，CHARMM和Dreiding，通過數(shù)值求解運動方程計算原子軌跡 1 NAMD官方網(wǎng)站 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 2 NAMD介紹 http://www.mdbbs.org/thread-10236-1-1.html 3 NAMD中文論壇

10，namd分子模擬中只限制分子的鍵長鍵角而不固定坐標嗎

我也是分子模擬小白，題主給的信息我分析不出太多。題主是用ambertools生成的crd和top文件在namd下模擬，還是只用在charmm力場文件格式下的amber力場參數(shù)文件？對配體進行怎樣的限制？是固定位置，在模擬過程中不動的話，參考樓上的建議就可以了。但如果是把配體限制在一定范圍內(nèi)，需要看下Harmonic restraint parameters的設(shè)置，或者用tclforce也可以，但個人感覺都不是很方便，在這方面，Gromacs的操作要比NAMD方便很多。
雖然我很聰明，但這么說真的難到我了
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