蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的一般流程

來(lái)源：整理時(shí)間：2024-11-01 02:29:50 編輯：智能門(mén)戶手機(jī)版

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1，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的一般流程
2，有沒(méi)有根據(jù)序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的軟件
3，蛋白質(zhì)序列分析及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)策略包括哪些步驟
4，蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法與原理二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的網(wǎng)站有哪些

1，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的一般流程

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)簡(jiǎn)單流程：1 提取和純化目標(biāo)蛋白。2 蛋白結(jié)晶3 X光衍射或核磁共振檢測(cè)。4 解譜5 重構(gòu)晶體結(jié)構(gòu)6 驗(yàn)證

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的一般流程

2，有沒(méi)有根據(jù)序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的軟件

當(dāng)然有根據(jù)序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的軟件比如nnPredict，預(yù)測(cè)全alpha蛋白、全beta蛋白和alpha/beta蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu) PredictProtein，提供了序列搜索和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)。先搜索相似序列，然后構(gòu)建多序列比對(duì)的輪廓，再在數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索相似的輪廓，然后用

有沒(méi)有根據(jù)序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的軟件

3，蛋白質(zhì)序列分析及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)策略包括哪些步驟

序列分析通常就是指同源性分析、保守位點(diǎn)分析，motif分析和功能預(yù)測(cè)等，結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)通常又包括二級(jí)結(jié)構(gòu)三級(jí)結(jié)構(gòu)甚至四級(jí)結(jié)構(gòu)，二級(jí)結(jié)構(gòu)目前預(yù)測(cè)還是比較準(zhǔn)確的，三級(jí)結(jié)構(gòu)最簡(jiǎn)單的可以直接將蛋白序列提交swissmodel在線進(jìn)行預(yù)測(cè)，也可以采用一些其他軟件，如modeller和一些商業(yè)軟件，主要原理是同源建模，現(xiàn)在也有一些其他方法可以獲得結(jié)構(gòu)，但準(zhǔn)確性有待提高。

當(dāng)然有根據(jù)序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的軟件比如nnpredict，預(yù)測(cè)全alpha蛋白、全beta蛋白和alpha/beta蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)predictprotein，提供了序列搜索和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)。先搜索相似序列，然后構(gòu)建多序列比對(duì)的輪廓，再在數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索相似的輪廓，然后用一套phd程序來(lái)預(yù)測(cè)相應(yīng)的結(jié)構(gòu)特征，包括二級(jí)結(jié)構(gòu)。返回的結(jié)果包含大量預(yù)測(cè)過(guò)程中產(chǎn)生的信息，還包含每個(gè)殘基位點(diǎn)的預(yù)測(cè)可信度。

蛋白質(zhì)序列分析及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)策略包括哪些步驟

4，蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法與原理二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的網(wǎng)站有哪些

傳統(tǒng)的觀點(diǎn)認(rèn)為，蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)決定它的三維結(jié)構(gòu)，也就決定了其功能。因此，常通過(guò)已知的蛋白質(zhì)序列比對(duì)來(lái)預(yù)測(cè)未功能，或者是通過(guò)序列來(lái)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的一些功能。例如，分析所獲序列是否與已知蛋白質(zhì)序列相似；所獲序列是否含有特殊蛋白質(zhì)家族...

α-螺旋(α-helix) 蛋白質(zhì)中常見(jiàn)的一種二級(jí)結(jié)構(gòu)，肽鏈主鏈繞假想的中心軸盤(pán)繞成螺旋狀，一般都是右手螺旋結(jié)構(gòu)，螺旋是靠鏈內(nèi)氫鍵維持的。每個(gè)氨基酸殘基（第n個(gè)）的羰基氧與多肽鏈c端方向的第4個(gè)殘基（第n+4個(gè)）的酰胺氮形成氫鍵。在典型的右手α-螺旋結(jié)構(gòu)中，螺距為0.54nm，每一圈含有3.6個(gè)氨基酸殘基，每個(gè)殘基沿著螺旋的長(zhǎng)軸上升0.15nm。螺旋的半徑為0.23nm。β-折疊(β-sheet) 是蛋白質(zhì)中的常見(jiàn)的二級(jí)結(jié)構(gòu)，是由伸展的多肽鏈組成的。折疊片的構(gòu)象是通過(guò)一個(gè)肽鍵的羰基氧和位于同一個(gè)肽鏈或相鄰肽鏈的另一個(gè)酰胺氫之間形成的氫鍵維持的。氫鍵幾乎都垂直伸展的肽鏈，這些肽鏈可以是平行排列（走向都是由n到c方向）；或者是反平行排列（肽鏈反向排列）。β-轉(zhuǎn)角(β-turn) 多肽鏈中常見(jiàn)的二級(jí)結(jié)構(gòu)，連接蛋白質(zhì)分子中的二級(jí)結(jié)構(gòu)（α-螺旋和β-折疊），使肽鏈走向改變的一種非重復(fù)多肽區(qū)，一般含有2～16個(gè)氨基酸殘基。含有5個(gè)氨基酸殘基以上的轉(zhuǎn)角又常稱之環(huán)（loops）。常見(jiàn)的轉(zhuǎn)角含有4個(gè)氨基酸殘基，有兩種類(lèi)型。轉(zhuǎn)角i的特點(diǎn)是：第1個(gè)氨基酸殘基羰基氧與第4個(gè)殘基的酰胺氮之間形成氫鍵；轉(zhuǎn)角ii的第3個(gè)殘基往往是甘氨酸。這兩種轉(zhuǎn)角中的第2個(gè)殘基大都是脯氨酸。