RNA-seq 數(shù)據(jù)量化rnace q數(shù)據(jù)量化是指來自測(cè)序數(shù)據(jù)medium計(jì)算rnace q的各基因的表達(dá)量。水稻轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要多少數(shù)據(jù)根據(jù)你的測(cè)序需要，如果只檢測(cè)表達(dá)，可以用單端短序列測(cè)序，一般10M以上的閱讀量就能滿足要求，如果需要檢測(cè)SNP、可變剪接、新基因，就需要使用更長片段的雙端測(cè)序，一般在2x100或2x125以上，數(shù)據(jù)的量大約在23G以上，當(dāng)然越多越好。

gwas(基因組多樣性關(guān)聯(lián)研究)是對(duì)遺傳多樣性豐富的自然群體中的每個(gè)個(gè)體進(jìn)行基因組測(cè)序，結(jié)合目標(biāo)性狀的表型數(shù)據(jù)，基于一定的統(tǒng)計(jì)方法進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究，從而快速獲得影響目標(biāo)性狀表型變異的染色體片段或基因位點(diǎn)。當(dāng)然，GWAS可以應(yīng)用于人類的表型分析。暫時(shí)先說動(dòng)物和植物。GWAS已經(jīng)公布了許多物種，如玉米、水稻、擬南芥、大豆、毛白楊、番茄、果蠅、白虎瘧原蟲等。

1977年，英國化學(xué)家FrederickSanger發(fā)明了雙脫氧鏈終止法。這項(xiàng)技術(shù)和W.Gilbert發(fā)明的化學(xué)降解法被稱為第一代測(cè)序技術(shù)。Sanger方法測(cè)序使用DNA聚合酶來延伸與未確定序列的模板結(jié)合的引物。直到摻入鏈終止核苷酸。每個(gè)測(cè)序由一組四個(gè)獨(dú)立的反應(yīng)組成，每個(gè)反應(yīng)包含所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并與有限量的不同雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)混合。

終點(diǎn)取決于反應(yīng)中相應(yīng)的雙脫氧。每個(gè)dNTPs和ddNTPs的相對(duì)濃度可以調(diào)節(jié)，從而可以得到一組幾百到幾千個(gè)堿基的鏈終止產(chǎn)物。它們有相同的起點(diǎn)，但終止于不同的核苷酸。用高分辨率變性凝膠電泳可分離出大小不同的片段，經(jīng)凝膠處理后，用x光膠片放射自顯影或非同位素標(biāo)記法檢測(cè)。

紫外交聯(lián)儀是一種多功能的紫外輻射系統(tǒng)，主要用于將DNA或RNA交聯(lián)到尼龍膜和硝酸纖維素膜上。交聯(lián)過程只需要25-50秒。傳統(tǒng)的方法是在80℃的真空烘箱中烘烤薄膜2小時(shí)。與真空烘箱烘烤相比，紫外線照射可以顯著增加雜交信號(hào)。紫外交聯(lián)儀可用于膜交聯(lián)如Northern、Southernblotting和EMSA，雙分子交聯(lián)如CLIPseq、iCLIPseq、PARCLIPseq、pBpa、sulfoSDA和補(bǔ)骨脂素，微生物滅活(如細(xì)菌、真菌和病毒)，光穩(wěn)定性驗(yàn)證，瓊脂凝膠中的DNA切割，RecA突變篩選，胸腺二聚體產(chǎn)生的部分限制性內(nèi)切酶消化，紫外滅菌消除PCR污染。

RNAseq數(shù)據(jù)Quantization是指來自RNA seq的測(cè)序-2計(jì)算的各基因的表達(dá)量。RNAseq 數(shù)據(jù)的傳統(tǒng)分析思路分為兩步。第一步，將RNAseq方法得到的測(cè)序 數(shù)據(jù)與參考基因組序列(tophat2、bowtie2、HISAT等軟件)進(jìn)行比對(duì)；第二步，從比對(duì)結(jié)果中計(jì)算的表達(dá)式，了解每個(gè)基因(袖扣、HTseqcount等軟件)的讀取次數(shù)。

現(xiàn)在健康人的全基因組測(cè)序一般是30X，腫瘤樣本可能更高，達(dá)到70100X。健康人的全外顯子測(cè)序一般為100X，腫瘤樣本一般為160X200X。人類的基因組大約是3G，所以一個(gè)30X的基因組測(cè)序一般產(chǎn)生90g數(shù)據(jù)；但常用的總外顯子組一般是60M?？紤]到探針的捕獲效率通常為50%，100倍總外顯子產(chǎn)生12G 數(shù)據(jù)，其中一半是靶區(qū)外的“垃圾”數(shù)據(jù)。

根據(jù)你測(cè)序的需求，如果只檢測(cè)表達(dá)，可以使用單端短序列測(cè)序，一般10M以上的讀取即可滿足要求。如果要檢測(cè)SNP、可變剪接和新基因，需要使用片段更長的雙端片段測(cè)序。